Les chercheurs et médecins ont de plus en plus d'arguments scientifiques indiquant que les allergies sont en partie dues à des modifications de ces colonies de bactéries.
En comparant les peaux de personnes allergiques (atopiques) de personnes qui ne le sont pas, on s'aperçoit que les peaux n'ont pas exactement les mêmes familles de bactéries.
Cela fait longtemps que l'on tâche de comprendre l'augmentation du nombre de personnes allergiques. Certains experts ont mis en avant comme explication des conditions d'hygiène meilleures qu'autrefois. L’amélioration du niveau d’hygiène diminue les contacts avec des agents microbiens dès l’enfance. Or, on constate dans les pays industrialisés avec un environnement plus "sain" qu'il existe plus d’allergies ou de maladies auto-immunes.
Chez des animaux des travaux ont montré, qu'en détruisant leur microbiote, on augmente la sensibilité de ces animaux aux allergies.
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