Le fonctionnement de l'hôpital a été profondément transformé au cours des années 2000, avec la mise en place des pôles d'activité et de la nouvelle gouvernance hospitalière. Il repose sur une étroite collaboration entre les différentes instances participant à la gestion de l'établissement.
Le financement des hôpitaux a, lui aussi, été modifié par la réforme de l'assurance maladie intervenue en 2004. Les nouvelles modalités tiennent davantage compte de l'activité et du dynamisme de chaque établissement.

L'organisation interne de l'hôpital
Les établissements de santé sont organisés en pôles d'activité, qui se substituent peu à peu aux services et aux départements. Les pôles d'activité cliniques ou médico-techniques sont sous la responsabilité d'un praticien titulaire, qui dispose d'une autorité sur l'ensemble des équipes médicales, soignantes et d'encadrement.

Le conseil d'administration

Le conseil d'administration comprend trois catégories de membres : des représentants des collectivités territoriales (12 membres), des représentants du corps médical et des personnels hospitaliers (12 membres), des personnes qualifiées et des représentants des usagers (6 membres).

Le conseil d'administration arrête la politique générale de l'établissement, ainsi que sa politique d'évaluation et de contrôle. Il délibère sur l'organisation des pôles d'activité et des structures internes. Il se prononce sur l'état prévisionnel des recettes et des dépenses. Il arrête également la politique d'amélioration de la qualité et de la sécurité des soins.